Es luego de que salieran las escuchas que lo compromenten en el encuentro entre Corinthians y Boca, por la Copa Libertadores 2013. El juez negó haber inclinado la balanza para Boca en el duelo de la Copa Libertadores 2013.

El árbitro paraguayo Carlos Amarilla pidió que "se investigue" su actuación en el partido entre Boca y Corinthians, en los octavos de final de la Copa Libertadores 2013 que ganaron los de la Ribera, luego de que escuchas telefónicas del fallecido presidente de AFA, Julio Grondona, señalaron que el partido pudo haber estado arreglado. 

"No será por mi cara bonita que dirigí todos los partidos. Con mi gusto y placer quiero que haya una investigación. Es lo que más quiero, que me investiguen", enfatizó Amarilla en declaraciones a La 970 de Paraguay. 

Las acusaciones sobre la actuación de Amarilla en el partido mencionado, comenzaron luego de una escucha telefónica entre el fallecido dirigente argentino y el exárbitro Abel Gnecco, Presidente del Colegio de Árbitro de Conmebol, en donde Grondona sostuvo que la designación de Amarilla fue "el refuerzo más grande que tuvo Boca". 

Luego del partido, que empataron 1 a 1, Amarilla fue suspendido por un tiempo por la Conmebol, debido a que tuvo errores en su actuación. 

No obstante, Amarilla indicó: "No favorecí a Boca", aunque al equipo paulista le anuló mal un gol y además no cobró una mano evidente de Leandro Marín en el área. 

"Aquél día recibo la notificación de la Conmebol para dirigirlo. Cuando terminó el partido, me reuní con nuestro instructor y revisamos las imágenes. Tuve errores y por eso me suspendieron por un buen tiempo. Es la ley del fútbol y el arbitraje es así, nos cuesta eso", afirmó. 

Lo que desea Amarilla es que "se limpie" su nombre, por las acusaciones que pesan sobre su persona, pero principalmente por su actuación profesional. 

Debido a este tipo de situaciones la Asociación Paraguaya de Fútbol (APF) lo suspendió hasta que se aclare su intervención. 

En un comunicado dado a conocer de manera oficial la APF se indicó que "hasta tanto sean dilucidados los supuestos hechos denunciados mediáticamente en el estamento correspondiente". 

"...y sin que esto sea considerado una sanción o pena alguna que afecte la dignidad de las personas que a continuación se citan, la Comisión de Árbitros ha determinado que los árbitros Carlos Amarilla y Rodney Aquino, en principio, no serán tenidos en cuenta para su designación en los partidos del Campeonato Clausura", se explicó en el comunicado.